ORF Finder使用说明及基因预测

ORF Finder是一个图形的序列分析工具，分析并找到序列的ORF区(开放读码框架)，这个工具使用标准的或其它特殊的遗传密码子列出所有可能的ORF区，并推导出氨基酸序列。

在线网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

1，输入GI号或Accession，或直接输入序列的fasta格式

2，结果出现六个图形，这是根据六种不同的编码方式得到的（包括正反链）。右边出现各个预测的ORF区的长度与编码方式。点其中一个就可以该区域的序列。并且有推导的氨基酸序列。一般来讲，长的ORF区基本上都是正确的，有可能编码基因。下面介绍也可以根据其它工具来验证。

3，拿到氨基酸序列后，你可以直接做blastp，如果有匹配到，就是正确的ORF区了。另外也可以用Pfam的方法，在Pfam数据库搜索。

如：http://pfam.sanger.ac.uk/ ，输入氨基酸序列，仅仅是序列就可以了。匹配到的话就会有结果，说明是属于那个家族的，能匹配就说明是正确的。

4，另一个工具是NCBI的CCD工个，网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi ，同样输入氨基酸序列。

5，结果表明该ORF编码的蛋白是属于BTB家族的。

说明，你可以同时用几个工具来验证，如blastp,Pfam,CDD。但有时的结果不一定全部一致。这有可能是因为不能的数据库，存放的数据有些差异，算法也有些差异，是属于正常的。基本上大部分都是可靠的。