引物设计的原理与Primer Premier5.0用法

引物设计原理

1. 选择合适的靶序列：设计引物之前，必须分析待测靶序列的性质，选择高度保守、碱基分布均匀的区域进行引物设计
2. 长度：一般来说，寡核苷酸引物长度为15-20bp.
3. Tm值：引物的Tm值一般控制在55-60℃，尽可能保证上下游引物的Tm值一致，一般不超过2℃。若引物中的G+C含量偏低，则可以使引物长度稍长，而保证一定的退火温度。
4. （G+C）含量：有效引物中（G+C）的比例一般为40～60％。
5. 碱基的随机分布：引物中四种碱基的分布最好是随机的，不存在聚嘌呤和聚嘧啶，尤其在引物的3’端不应超过3个连续的G或C.
6. 引物自身：引物自身不存在连续4个碱基以上的互补序列，如回文结构，发夹结构等，否则会影响到引物与模板之间的复性结合，尤其避免3’末端的互补。

引物设计操作流程

1.序列查找

根据所需检测的病原体或者待检特定基因，在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/网址查询有关序列。

2.同源性比较 主要有两种方法

1. 在www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi 网址进行在线的两两比较。
2. 采用OMIGA, PCGENE等软件进行两两或多序列比较。
   1. 打开OMIGA软件，导入（import）下载存盘的纯文本序列文件：
   2. 选择待比较的多条序列，右键点击“align sequences”命令；
   3. 等待计算机处理，直至状态显示排列结束，点击“alignment”显示结果；
   4. “alignment”结果，相同碱基以同色标记

引物设计与筛选 Primer Premier 5.0软件为例，进行引物设计和筛选的操作示范

1.打开软件，调入序列

2、选择路径，选择序列文件名，加入右框

3、序列文件显示如图，点击“primer”；

4、按照引物设计的原理，设定引物的各种参数，点击“确定”进行引物搜寻

5、等待引物搜寻，显示结束后，点击“确定”，进入下一页；

6、按照搜寻结果显示，逐条分析，在主窗口中检查该引物对的二级结构情况，依次筛选